Data Management with FHIR
0.1.0 - ci-build France (la) flag

Data Management with FHIR - version de développement local (intégration continue v0.1.0) construite par les outils de publication FHIR (HL7® FHIR® Standard). Voir le répertoire des versions publiées

Binary: ConditionOccurrence

Construite à partir de la ressource Condition, cette vue prépare et structure les données en vue de leur chargement dans la table condition_occurrence du modèle OMOP.

Elle contient la référence vers le patient et vers le séjour concernés, la date d'enregistrement du diagnostic, ainsi que son statut (principal ou associé). Un calcul détermine le concept_id correspondant au statut : il multiplie chaque concept_id candidat par 1 si la modalité correspondante est vérifiée, et par 0 sinon, de sorte que seul le concept_id correspondant à la modalité réellement présente apparaît dans le résultat.

Le diagnostic n'est pas rattaché à un concept standard OMOP (la colonne correspondante est laissée à 0), mais le code d'origine reste disponible dans une colonne source dédiée.

L'origine de la donnée est tracée par une constante (32817).

Certains codes ne correspondant pas à un diagnostic actif (antécédents médicaux, style de vie ou informations administratives): les inclure ici fausserait le contenu de la table condition_occurrence qui doit ne représenter que des diagnostics.

C'est pourquoi ils sont exclus par un filtre de cette vue, et pris en charge par une ViewDefinition distincte, destinée à la table observation.

Colonne Signification métier
condition_occurrence_id Identifiant du diagnostic
person_id Référence vers le patient concerné
visit_occurrence_id Référence vers le séjour concerné
visit_detail_id Référence vers le détail du séjour
condition_start_date Date d'enregistrement du diagnostic
condition_concept_id Diagnostic codé selon le référentiel standard OMOP
condition_source_value Diagnostic tel que libellé dans la source
condition_source_concept_id Code source du diagnostic
condition_coding_source_system Système de codage du code source
condition_type_concept_id Origine de l'enregistrement de la donnée
condition_status_concept_id Statut du diagnostic (principal ou associé), codé selon le référentiel standard OMOP
condition_status_source_value Statut du diagnostic tel que libellé dans la source

This view acts on the Condition resource to produce a table named "ConditionOccurrence" where code.coding.where(code = 'Z87.2' or code = 'Z37.0' or code = 'Z88.0').exists().not().

Selection Rules:

ItemCollTypeDescription
.. ConditionOccurrence Condition Vue se rapprochant de la table OMOP condition_occurrence
... Select
.... condition_occurrence_id id
.... person_id subject.reference
.... visit_occurrence_id encounter.reference
.... visit_detail_id encounter.reference
.... condition_start_date recordedDate
.... condition_concept_id 0
.... condition_source_value code.coding.first().display
.... condition_source_concept_id code.coding.first().code
.... condition_coding_source_system code.coding.first().system
.... condition_type_concept_id 32817
.... condition_status_concept_id category.first().coding.first().code.where($this = 'DP').count() * 4307107 + category.first().coding.first().code.where($this = 'DA').count() * 4230359
.... condition_status_source_value category.first().coding.first().display