ADICAP

The eds.adicap pipeline component matches the ADICAP codes. It was developped to work on anapathology reports.

Document type

It was developped to work on anapathology reports.

We recommend also to use the eds language (spacy.blank("eds"))

The compulsory characters of the ADICAP code are identified and decoded. These characters represent the following attributes:

Field [en]	Field [fr]	Attribute
Sampling mode	Mode de prelevement	sampling_mode
Technic	Type de technique	technic
Organ and regions	Appareils, organes et régions	organ
Pathology	Pathologie générale	pathology
Pathology type	Type de la pathologie	pathology_type
Behaviour type	Type de comportement	behaviour_type

The pathology field takes 4 different values corresponding to the 4 possible interpretations of the ADICAP code, which are : "PATHOLOGIE GÉNÉRALE NON TUMORALE", "PATHOLOGIE TUMORALE", "PATHOLOGIE PARTICULIERE DES ORGANES" and "CYTOPATHOLOGIE".

Depending on the pathology value the behaviour type meaning changes, when the pathology is tumoral then it describes the malignancy of the tumor.

For further details about the ADICAP code follow this link.

Usage

import spacy

nlp = spacy.blank("eds")
nlp.add_pipe("eds.sentences")
nlp.add_pipe("eds.adicap")

text = """"
COMPTE RENDU D’EXAMEN

Antériorité(s) :  NEANT


Renseignements cliniques :
Contexte d'exploration d'un carcinome canalaire infiltrant du quadrant supéro-externe du sein droit. La
lésion biopsiée ce jour est située à 5,5 cm de la lésion du quadrant supéro-externe, à l'union des
quadrants inférieurs.


Macrobiopsie 10G sur une zone de prise de contraste focale à l'union des quadrants inférieurs du
sein droit, mesurant 4 mm, classée ACR4

14 fragments ont été communiqués fixés en formol (lame n° 1a et lame n° 1b) . Il n'y a pas eu
d'échantillon congelé. Ces fragments ont été inclus en paraffine en totalité et coupés sur plusieurs
niveaux.
Histologiquement, il s'agit d'un parenchyme mammaire fibroadipeux parfois légèrement dystrophique
avec quelques petits kystes. Il n'y a pas d'hyperplasie épithéliale, pas d'atypie, pas de prolifération
tumorale. On note quelques suffusions hémorragiques focales.

Conclusion :
Légers remaniements dystrophiques à l'union des quadrants inférieurs du sein droit.
Absence d'atypies ou de prolifération tumorale.

Codification :   BHGS0040
"""

doc = nlp(text)

doc.ents
# Out: (BHGS0040,)

ent = doc.ents[0]

ent.label_
# Out: adicap

ent._.adicap.dict()
# Out: {'code': 'BHGS0040',
# 'sampling_mode': 'BIOPSIE CHIRURGICALE',
# 'technic': 'HISTOLOGIE ET CYTOLOGIE PAR INCLUSION',
# 'organ': "SEIN (ÉGALEMENT UTILISÉ CHEZ L'HOMME)",
# 'pathology': 'PATHOLOGIE GÉNÉRALE NON TUMORALE',
# 'pathology_type': 'ETAT SUBNORMAL - LESION MINEURE',
# 'behaviour_type': 'CARACTERES GENERAUX'}

Configuration

The pipeline can be configured using the following parameters :

PARAMETER	DESCRIPTION
`pattern`	The regex pattern to use for matching ADICAP codes TYPE: `Optional[Union[List[str], str]]` DEFAULT: `base_code`
`prefix`	The regex pattern to use for matching the prefix before ADICAP codes TYPE: `Optional[Union[List[str], str]]` DEFAULT: `adicap_prefix`
`window`	Number of tokens to look for prefix. It will never go further the start of the sentence TYPE: `int` DEFAULT: `500`
`attr`	Attribute to match on, eg `TEXT`, `NORM`, etc. TYPE: `str` DEFAULT: `'TEXT'`

Authors and citation

The eds.adicap pipeline was developed by AP-HP's Data Science team. The codes were downloaded from the website of 'Agence du numérique en santé' ¹ ("Thésaurus de la codification ADICAP - Index raisonné des lésions")

Agence du numérique en santé. Thésaurus de la codification ADICAP - Index raisonné des lésions. 05 2019. URL: http://esante.gouv.fr/terminologie-adicap. ↩