Adicap[source]
The eds.adicap
pipeline component matches the ADICAP codes. It was developped to run on anapathology reports.
Document type
It was developped to work on anapathology reports. We recommend also to use the eds
language (edsnlp.blank("eds")
)
The compulsory characters of the ADICAP code are identified and decoded. These characters represent the following attributes:
Field [en] | Field [fr] | Attribute |
---|---|---|
Sampling mode | Mode de prelevement | sampling_mode |
Technic | Type de technique | technic |
Organ and regions | Appareils, organes et régions | organ |
Pathology | Pathologie générale | pathology |
Pathology type | Type de la pathologie | pathology_type |
Behaviour type | Type de comportement | behaviour_type |
The pathology field takes 4 different values corresponding to the 4 possible interpretations of the ADICAP code, which are : "PATHOLOGIE GÉNÉRALE NON TUMORALE", "PATHOLOGIE TUMORALE", "PATHOLOGIE PARTICULIERE DES ORGANES" and "CYTOPATHOLOGIE".
Depending on the pathology value the behaviour type meaning changes, when the pathology is tumoral then it describes the malignancy of the tumor.
For further details about the ADICAP code follow this link.
Examples
import edsnlp, edsnlp.pipes as eds
nlp = edsnlp.blank("eds")
nlp.add_pipe(eds.sentences())
nlp.add_pipe(eds.adicap())
text = """
COMPTE RENDU D’EXAMEN
Antériorité(s) : NEANT
Renseignements cliniques :
Contexte d'exploration d'un carcinome canalaire infiltrant du quadrant supéro-
externe du sein droit. La lésion biopsiée ce jour est située à 5,5 cm de la lésion
du quadrant supéro-externe, à l'union des quadrants inférieurs.
Macrobiopsie 10G sur une zone de prise de contraste focale à l'union des quadrants
inférieurs du sein droit, mesurant 4 mm, classée ACR4
14 fragments ont été communiqués fixés en formol (lame n° 1a et lame n° 1b) . Il
n'y a pas eu d'échantillon congelé. Ces fragments ont été inclus en paraffine en
totalité et coupés sur plusieurs niveaux.
Histologiquement, il s'agit d'un parenchyme mammaire fibroadipeux parfois
légèrement dystrophique avec quelques petits kystes. Il n'y a pas d'hyperplasie
épithéliale, pas d'atypie, pas de prolifération tumorale. On note quelques
suffusions hémorragiques focales.
Conclusion :
Légers remaniements dystrophiques à l'union des quadrants inférieurs du sein droit.
Absence d'atypies ou de prolifération tumorale.
Codification : BHGS0040
"""
doc = nlp(text)
doc.ents
# Out: (BHGS0040,)
ent = doc.ents[0]
ent.label_
# Out: adicap
ent._.adicap.dict()
# Out: {'code': 'BHGS0040',
# 'sampling_mode': 'BIOPSIE CHIRURGICALE',
# 'technic': 'HISTOLOGIE ET CYTOLOGIE PAR INCLUSION',
# 'organ': "SEIN (ÉGALEMENT UTILISÉ CHEZ L'HOMME)",
# 'pathology': 'PATHOLOGIE GÉNÉRALE NON TUMORALE',
# 'pathology_type': 'ETAT SUBNORMAL - LESION MINEURE',
# 'behaviour_type': 'CARACTERES GENERAUX'}
Parameters
PARAMETER | DESCRIPTION |
---|---|
nlp | The pipeline object TYPE: |
name | The name of the pipe TYPE: |
pattern | The regex pattern to use for matching ADICAP codes TYPE: |
prefix | The regex pattern to use for matching the prefix before ADICAP codes TYPE: |
window | Number of tokens to look for prefix. It will never go further the start of the sentence TYPE: |
attr | Attribute to match on, eg TYPE: |
label | Label name to use for the TYPE: |
span_setter | How to set matches on the doc TYPE: |
Authors and citation
The eds.adicap
pipeline was developed by AP-HP's Data Science team. The codes were downloaded from the website of 'Agence du numérique en santé' ("Thésaurus de la codification ADICAP - Index raisonné des lésions", santé, 2019)
santé A., 2019. Thésaurus de la codification ADICAP - Index raisonné des lésions. http://esante.gouv.fr/terminologie-adicap